Effect of freezing on PCR amplification of 16S rRNA genes from microbes associated with black band disease of corals

Appl Environ Microbiol. 2009 Apr;75(8):2581-4. doi: 10.1128/AEM.01500-08. Epub 2009 Feb 27.

Abstract

Molecular analysis of black band disease of corals revealed that samples frozen immediately after collection yielded more proteobacterial 16S rRNA sequences, while unfrozen samples produced more cyanobacterial and sulfur-oxidizing bacterial sequences. These results suggest the need to use multiple approaches for preparation of samples to characterize this complex polymicrobial disease.

Publication types

  • Research Support, N.I.H., Extramural

MeSH terms

  • Animals
  • Anthozoa / microbiology*
  • Bacteria / genetics
  • Bacteria / isolation & purification
  • Bacterial Infections / microbiology
  • Biodiversity
  • DNA, Bacterial / genetics
  • DNA, Bacterial / isolation & purification*
  • DNA, Ribosomal / genetics
  • DNA, Ribosomal / isolation & purification*
  • Freezing*
  • Molecular Sequence Data
  • Phylogeny
  • Polymerase Chain Reaction / methods*
  • RNA, Ribosomal, 16S / genetics*
  • Sequence Analysis, DNA
  • Specimen Handling / methods*

Substances

  • DNA, Bacterial
  • DNA, Ribosomal
  • RNA, Ribosomal, 16S

Associated data

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