Next-generation sequencing (NGS), also referred to as deep, high-throughput or massively parallel sequencing, is a powerful new tool that can be used for the complex diagnosis and intensive monitoring of infectious disease in veterinary medicine. NGS technologies are also being increasingly used to study the aetiology, genomics, evolution and epidemiology of infectious disease, as well as host-pathogen interactions and other aspects of infection biology. This review briefly summarises recent progress and achievements in this field by first introducing a range of novel techniques and then presenting examples of NGS applications in veterinary infection biology. Various work steps and processes for sampling and sample preparation, sequence analysis and comparative genomics, and improving the accuracy of genomic prediction are discussed, as are bioinformatics requirements. Examples of sequencing-based applications and comparative genomics in veterinary medicine are then provided. This review is based on novel references selected from the literature and on experiences of the World Organisation for Animal Health (OIE) Collaborating Centre for the Biotechnology-based Diagnosis of Infectious Diseases in Veterinary Medicine, Uppsala, Sweden.
Le séquençage de nouvelle génération (également désigné « séquençage à très haut débit » ou « séquençage massivement parallèle ») est un nouvel outil extrêmement puissant permettant de procéder à des diagnostics sophistiqués et d’assurer un contrôle vétérinaire intensif de maladies infectieuses complexes. Les technologies du séquençage de nouvelle génération sont également d’un grand secours pour étudier l’étiologie, la génomique, l’évolution et l’épidémiologie des maladies infectieuses ainsi que les interactions hôtes–agents pathogènes et bien d’autres aspects de la biologie des maladies infectieuses. Pour présenter les progrès et les accomplissements les plus récents dans ce domaine, les auteurs décrivent d’abord une série de techniques innovantes puis quelques exemples d’applications du séquençage de nouvelle génération dans le champ de la biologie des maladies animales infectieuses. Ils exposent un certain nombre d’étapes et de processus opérationnels régissant la sélection et la préparation des échantillons, l’analyse séquentielle et les études de génomique comparative, ainsi que ceux qui permettent d’améliorer la justesse prédictive de la génomique ; les exigences particulières de la bio-informatique sont également évoquées. Cette analyse est complétée par quelques exemples d’applications de l’analyse séquentielle et de la génomique comparative en médecine vétérinaire. Cette synthèse est basée sur une sélection de références bibliographiques récentes ainsi que sur l’expérience acquise par le Centre collaborateur de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) pour le diagnostic basé sur la biotechnologie des maladies infectieuses en médecine vétérinaire, situé à Uppsala (Suède).
La secuenciación de próxima generación, también denominada secuenciación profunda, de alto rendimiento o masivamente paralela, es una nueva y poderosa herramienta para efectuar diagnósticos complejos y vigilar muy de cerca enfermedades infecciosas complejas en el ámbito de la medicina veterinaria. Estas técnicas también se utilizan cada vez más para estudiar la etiología, genómica, evolución y epidemiología de las enfermedades infecciosas, así como las interacciones entre patógeno y anfitrión y otros aspectos de la biología de las infecciones. Los autores resumen brevemente una serie de logros y adelantos obtenidos últimamente en este ámbito, presentando en primer lugar un conjunto de técnicas novedosas y ofreciendo después ejemplos de aplicaciones de la secuenciación de próxima generación a la biología de las infecciones veterinarias. También describen varios protocolos y procesos de trabajo para la obtención y preparación de muestras, el análisis de secuencias y las labores de genómica comparada, explican cómo mejorar la exactitud de la predicción genómica y examinan las herramientas bioinformáticas necesarias para ello. A continuación presentan ejemplos de aplicaciones basadas en técnicas de secuenciación y en la genómica comparada en medicina veterinaria. Este artículo está basado en referencias muy recientes, tomadas de publicaciones científicas, y en la experiencia del Centro Colaborador de la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE) para el Diagnóstico de las enfermedades infecciosas de la medicina veterinaria basado en la biotecnología, sito en Upsala (Suecia).
Keywords: Bacterie; Diagnostic; Genomique; Maladie infectieuse; Medecine veterinaire; Sequencage; Sequencage haut-debit.