Background: The B.1.1.7 SARS-CoV-2 variant results in spike gene target failure (SGTF) in reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-PCR) assays. Few studies have been published on the clinical impact of B.1.1.7/SGTF.
Aims: To assess the incidence of B.1.1.7/SGTF and its associated clinical characteristics among hospitalized COVID-19 patients.
Methods: This observational, single-centre, cohort study was conducted between December 2020 and February 2021 and included 387 hospitalized COVID-19 patients. The Kaplan-Meier method was used for survival analysis, and logistic regression to identify risk factors associated with B.1.1.7/SGTF.
Results: By February 2021, B.1.1.7/SGTF (88%) dominated the SARS-CoV-2 PCR results in a Lebanese hospital. Of the 387 eligible COVID-19 patients confirmed by SARS-CoV-2 RT-PCR, 154 (40%) were non-SGTF and 233 (60%) were B.1.1.1.7/SGTF; this was associated with a higher mortality rate among female patients [22/51 (43%) vs 7/37 (19%); P = 0.0170]. Among patients in the B.1.1.7/SGTF group, most were aged ≥ 65 years [162/233 (70%) vs 74/154 (48%); P < 0.0001]. Independent predictors of B.1.1.7/SGTF infection were hypertension (OR = 0.415; CI: 0.242-0.711; P = 0.0010), age ≥ 65 years (OR = 0.379; CI: 0.231-0.622; P < 0.0001), smoking (OR = 1.698; CI: 1.023-2.819; P = 0.0410), and cardiovascular disease (OR = 3.812; CI: 2.215-6.389; P < 0.0001). Only non-SGTF patients experienced multi-organ failure [5/154 (4%) vs 0/233 (0%); P = 0.0096].
Conclusion: There was a clear difference between the clinical features associated with B.1.1.7/SGTF and non-SGTF lineages. Tracking viral evolution and its clinical impact is crucial for proper understanding and management of the COVID-19 pandemic.
دراسة أترابية رصدية للنتائج السريرية المرتبطة بزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7 في صفوف المصابين بكوفيد-19 الذين تلقوا الرعاية في المستشفيات في لبنان.
فاطمة دكروب، محمد ياسين، سها فخر الدين، علي مشيك، حسن رحال، غدير حايك، علي عقل، رنا زعرور، حيدر عقل.
الخلفية: يتسبب المتحور B.1.1.7 لفيروس كورونا-سارس-2 في زيادة فشل الجين المستهدف في مقايسات التنسُّخ العكسي لتفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي. وقد نُشر عدد قليل من الدراسات عن الأثر السريري لزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن هذا المتحور.
الأهداف: هدفت هذه الدراسة إلى تقييم معدل حدوث زيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7 والخصائص السريرية المرتبطة به في صفوف المصابين بكوفيد-19 الذين يتلقون الرعاية في المستشفى.
طرق البحث: أُجريت هذه الدراسة الأترابية الرصدية الأحادية المركز في المدة ما بين ديسمبر/ كانون الأول 2020 وفبراير/ شباط 2021، وشملت 387 مريضًا من مرضى كوفيد-19 الذين تلقوا الرعاية في المستشفى. واستُخدم أسلوب كابلان-ماير لتحليل البقاء على قيد الحياة، وأسلوب الانحدار اللوجستي لتحديد عوامل الخطر المرتبطة بزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7.
النتائج: بحلول فبراير/ شباط 2021، سيطرت زيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7 على نتائج اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل لفيروس كورونا-سارس-2 (88٪) في أحد مستشفيات لبنان. ومن بين مرضى كوفيد-19 المؤهلين، البالغ عددهم 387 مريضًا، الذين تأكدت إصابتهم بواسطة التناسخ العكسي لتفاعل البوليميراز المتسلسل لفيروس كورونا-سارس-2، لم يتعرض 154 مريضًا (40٪) لزيادة فشل الجين المستهدف، وتعرَّض 233 مريضًا (60٪) لزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7؛ وارتبط ذلك بمعدل وفيات أعلى في صفوف النساء المريضات [22/51 (43٪) مقابل 7/37 (19٪)؛ القيمة الاحتمالية = 0.0170]. وكان معظم المرضى ضمن الفئة التي تعرَّضت لزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7 في سن 65 عامًا فأكثر [162/233 (70٪) مقابل 74/154 (48٪)؛ القيمة الاحتمالية < 0.0001]. وتمثَّلت المنبئات المستقلة للإصابة بزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7 في ارتفاع ضغط الدم (نسبة الأرجحية = 0.415؛ فاصل ثقة: 0.242–0.711؛ القيمة الاحتمالية = 0.0010)، وبلوغ سن 65 عامًا فأكثر (نسبة الأرجحية = 0.379؛ فاصل ثقة: 0.231–0.622؛ القيمة الاحتمالية < 0.0001)، والتدخين (نسبة الأرجحية = 1.698؛ فاصل ثقة: 1.023–2.819؛ القيمة الاحتمالية = 0.0410)، وأمراض القلب والأوعية الدموية (نسبة الأرجحية = 3.812؛ فاصل ثقة: 2.215–6.389؛ القيمة الاحتمالية < 0.0001). وكان المرضى غير المصابين بزيادة فشل الجين المستهدف وحدهم يعانون فشلَ أعضاء متعددة [5/154 (4٪) مقابل 0/233 (0٪)؛ القيمة الاحتمالية = 0.0096].
الاستنتاجات: كان هناك فرق واضح بين المظاهر السريرية الناجمة عن السلالات المرتبطة بزيادة فشل الجين المستهدف الناجم عن المتحور B.1.1.7 والسلالات غير المرتبطة بزيادة فشل الجين المستهدف. ويُعَدُّ تتبُّع تطور الفيروس وأثره السريري أمرًا بالغ الأهمية لفهم جائحة كوفيد-19 وتدبير المرض علاجيًّا بطريقة صحيحة.
Étude de cohorte observationnelle des résultats cliniques associés au SGTF lié au B.1.1.7 chez des patients COVID-19 hospitalisés au Liban.
Contexte: Le variant B.1.1.7 SARS-CoV-2 entraîne l'absence de détection du gène S (SGTF) dans les tests de réaction en chaîne par polymérase après transcription quantitative inverse (RT-PCR). Peu d'études ont été publiées sur l'impact clinique du SGTF/B 1.1.7.
Objectifs: Évaluer l'incidence du SGTF/B 1.1.7 et ses caractéristiques cliniques associées chez les patients hospitalisés atteints de COVID-19.
Méthodes: La présente étude observationnelle de cohorte monocentrique a été menée entre décembre 2020 et février 2021 auprès de 387 patients hospitalisés atteints de COVID-19. La méthode de Kaplan-Meier a été utilisée pour l'analyse de survie et la régression logistique afin de déterminer les facteurs de risque associés au SGTF/B.1.1.7.
Résultats: En février 2021, le SGTF/B.1.1.7 (88 %) a dominé les résultats de la PCR du SARS-CoV-2 dans un hôpital libanais. Sur les 387 patients éligibles atteints de COVID-19 confirmés pour le SARS-CoV-2 par RT-PCR, 154 (40 %) étaient négatifs pour le SGTF et 233 (60 %) étaient positifs pour le SGTF/B 1.1.7 ; cela était associé à un taux de mortalité plus élevé chez les femmes [22/51 (43 %) contre 7/37 (19 %) ; p = 0,0170]. Parmi les patients du groupe SGTF/B 1.1.7 la plupart étaient âgés de 65 ans et plus [162/233 (70 %) contre 74/154 (48 %) ; p < 0,0001]. Les facteurs prédictifs indépendants de l'infection par le B.1.1.7/SGTF étaient l'hypertension (OR = 0,415 ; IC : 0,242-0,711 ; p = 0,0010), le fait d'être âgé de 65 ans et plus (OR = 0,379 ; IC : 0,231-0,622 ; p < 0,0001), le tabagisme (OR = 1,698 ; IC : 1,023-2,819 ; p = 0,0410) et les maladies cardiovasculaires (OR = 3,812 ; IC : 2,215-6,389 ; p < 0,0001). Seuls les patients négatifs pour le SGTF présentaient une défaillance multiviscérale [5/154 (4 %) contre 0/233 (0 %) ; p = 0,0096].
Conclusion: Il y avait une différence claire entre les caractéristiques cliniques associées aux lignées B.1.1.7/ SGTF et celles ne présentant pas de SGTF. Le suivi de l'évolution virale et de son impact clinique est essentiel à la compréhension et à la gestion de la pandémie de COVID-19.
Keywords: COVID-19; SARS-CoV-2; in-hospital mortality; spike gene target failure; variant B.1.1.7.
Copyright © Authors 2023; Licensee: World Health Organization. EMHJ is an open access journal. This paper is available under the Creative Commons Attribution Non-Commercial ShareAlike 3.0 IGO licence (CC BY-NC-SA 3.0 IGO; https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/igo).