Genetic diversity of viruses of Chenuda virus species (Orbivirus, Reoviridae) circulating in Central Asia

Vopr Virusol. 2017 Apr 20;62(2):81-86.

Abstract

Chenuda virus (CNUV) (Orbivirus, Reoviridae) is the only known orbivirus associated with argas (Argasidae) ticks. Scientific study of this group is necessary for understanding of Orbivirus genus evolution patterns. We conducted a comparative analysis of full genomes of five different viruses of Chenuda virus species, including Baku virus strains (BAKV) circulating in a rather limited area in the Central Asia and Transcaucasia. It was shown that VP4(OC1) and VP6(Hel) proteins variability greatly exceeds the variability of other proteins. The divergence between CNUV and BAKV in this proteins is about 50%. Even in closely related strains isolated from the same geographical region, the conservative genes of which are 90-95% identical, the VP4(OC1) and VP6(Hel) divergence reaches values that would usually be indicative of different serotypes (74.1-82.2%).

Chenuda virus (CNUV) (Orbivirus, семейство Reoviridae) является единственным известным видом орбивирусов, экологически связанным с аргасовыми (Argasidae) клещами, и изучение этой группы вирусов необходимо для понимания общих закономерностей эволюции вирусов рода Orbivirus. Проведен сравнительный полногеномный анализ 5 различных вирусов, принадлежащих к виду Chenuda virus, включая штаммы вируса Баку (BAKV), и циркулирующих на относительно ограниченной территории в Центральной Азии и в Эакавказье. Показано, что дивергенция генов белков VP4 (OC1) и VP6 (Hel) значительно превышает этот показатель для остальных генов. Дивергенция по белкам VP4 (OC1) и VP6 (Hel) между CNUV и BAKV составляет около 50%. Даже у близкородственных штаммов, изолированных в одном географическом регионе и обладающих высокой степенью гомологии консервативных генов (90 - 95%), дивергенция по VP4 (OC1) и VP6 (Hel) достигает значений, которые соответствуют разным серотипам (74,1 - 82,2%).

Keywords: Argasidae; Baku virus; Chenuda virus; Kemerovo antigenic complex; Orbivirus; arboviruses; virus evolution.