Introduction: Insectivores are newly recognized hantaviral reservoir worldwide. Four distinct shrew-borne hantaviruses (family Hantaviridae) have been identified in two regions located in southern and northern part of the Russian Far East, two genetic variants of Seewis virus (SWSV), Lena River virus (LENV), Kenkeme virus (KKMV) and Yakeshi virus (YKSV). Here, we describe geographic distribution of shrew-borne hantaviruses in southern part of the Russian Far East: Jewish Autonomous region, Khabarovsk Krai, Primorsky Krai and Sakhalin region.
Materials and methods: Lung samples from shrews of genus Sorex, captured in the four regions of Far Eastern Russia, were examined for hantavirus RNA using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Phylogenetic analysis of the partial nucleotide sequences of viral genome was conducted using MEGA X software.
Results: New genetic variant of YKSV was identified in new reservoir host, long-clawed shrew (S. ungiuculatus) from Sakhalin Island. Genetic variant of SWSV, ARTV-Sc, has been found to circulate among S. caecutiens on the seacoast of Khabarovsk and Primorsky Krai. KKMV virus and second genetic variant of SWSV, ARTV-St, were found in S. roboratus and S. tundrensis, respectively from Jewish Autonomous region.
Conclusion: Sorex-borne hantaviruses were found in all studied regions of Far Eastern Russia. Our results demonstrated co-evolution of SWSV, KKMV, and YKSV viruses throughout the geographic distribution of its hosts.
Введение. Насекомоядные являются новым природным резервуаром хантавирусов (Hantaviridae), широко распространённых по всему миру. Четыре вида хантавирусов, ассоциированных с бурозубками, выявлены в двух регионах Дальнего Востока РФ: два генетических варианта вируса Seewis (SWSV), вирусы Lena River (LENV), Kenkeme (KKMV) и Yakeshi (YKSV). Цель работы исследование географического распространения хантавирусов среди бурозубок рода Sorex в южной части Дальнего Востока. Материалы и методы. Образцы лёгочной ткани бурозубок, отловленных в четырёх административных регионах Дальнего Востока, исследовали на присутствие РНК хантавирусов в полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). Филогенетический анализ полученных последовательностей вирусного генома проводили с использованием программы MEGA-X. Результаты. Установлена циркуляция хантавирусов в бурозубках рода Sorex в Еврейской автономной области, Хабаровском, Приморском краях и в Сахалинской области. На острове Сахалин нами был обнаружен новый генетический вариант вируса YKSV и его новый природный носитель когтистая бурозубка (S. ungiuculatus). Показано, что вариант ARTV-Sc вируса SWSV циркулирует на побережье Хабаровского и Приморского краёв среди S. caecutiens. Вирусы KKMV и SWSV (вариант ARTV-St) обнаружены в Еврейской автономной области среди S. roboratus и S. tundrensis соответственно. Заключение. Установлено распространение хантавирусов в бурозубках рода Sorex на всей исследованной территории Дальнего Востока России. Полученные результаты свидетельствуют о коэволюции хантавирусов SWSV, KKMV и YKSV с их природными носителями в ареалах их обитания.
Keywords: hantavirus; insectivores; phylogenetic analysis; shrew.