Introduction: The study of the mechanisms of transmission of the SARS-CoV-2 virus is the basis for building a strategy for anti-epidemic measures in the context of the COVID-19 pandemic. Understanding in what time frame a patient can spread SARS-CoV-2 is just as important as knowing the transmission mechanisms themselves. This information is necessary to develop effective measures to prevent infection by breaking the chains of transmission of the virus. The aim of the work is to identify the infectious SARS-CoV-2 virus in patient samples in the course of the disease and to determine the duration of virus shedding in patients with varying severity of COVID-19.
Materials and methods: In patients included in the study, biomaterial (nasopharyngeal swabs) was subjected to analysis by quantitative RT-PCR and virological determination of infectivity of the virus.
Results: We have determined the timeframe of maintaining the infectivity of the virus in patients hospitalized with severe and moderate COVID-19. Based on the results of the study, we made an analysis of the relationship between the amount of detected SARS-CoV-2 RNA and the infectivity of the virus in vitro in patients with COVID-19. The median time of the infectious virus shedding was 8 days. In addition, a comparative analysis of different protocols for the detection of the viral RNA in relation to the identification of the infectious virus was carried out.
Conclusion: The obtained data make it possible to assess the dynamics of SARS-CoV-2 detection and viral load in patients with COVID-19 and indicate the significance of these parameters for the subsequent spread of the virus and the organization of preventive measures.
Введение. Изучение механизмов передачи вируса SARS-CoV-2 является основой для выстраивания стратегии противоэпидемических мероприятий в условиях пандемии COVID-19. Понимание того, в какой временнй перспективе больной может распространять SARS-CoV-2, так же важно, как и знание самих механизмов передачи вируса. Эта информация необходима для разработки эффективных мер профилактики инфицирования путём разрыва цепочек передачи вируса. Цель работы выявление инфекционного вируса SARS-CoV-2 в образцах пациентов в динамике заболевания и определение продолжительности выделения вируса пациентами с различной тяжестью течения COVID-19. Материалы и методы. У пациентов, включённых в исследование, проводили сбор биоматериала (назофарингеальный мазок) для дальнейшего анализа методом количественной ОТ-ПЦР и вирусологического определения инфекционности для мазка. Результаты. Нами определены сроки сохранения инфекционности вируса у пациентов, госпитализированных с тяжёлым и среднетяжёлым течением COVID-19. По результатам исследования проведён анализ зависимости между количеством детектируемой РНК SARS-CoV-2 с помощью ОТ-ПЦР и инфекционностью вируса в культуре клеток in vitro у больных COVID-19. Медианное время выделения пациентами инфекционного вируса составило 8 дней. Кроме того, проведён сравнительный анализ разных протоколов выявления РНК вируса относительно обнаружения инфекционного вируса. Заключение. Полученные данные позволяют оценить динамику выявления и вирусную нагрузку SARS-CoV-2 у больных COVID-19, а также значение установленных параметров для последующего распространения вируса и организации профилактических мероприятий.
Keywords: ROC analysis; RT-PCR; SARS-CoV-2; infectivity; severity of COVID-19.